Herbert Düggeli und Piero Weber, zwei Studenten der Schule für Soziale Arbeit in Zürich, gründeten Ende der 1980er-Jahre das mannebüro züri. Die ersten Frauenhäuser und Beratungsstellen für Frauen als Opfer von häuslicher Gewalt gab es seit einigen Jahren. Die Idee war, ein Hilfsangebot für Männer zu schaffen, die ihr gewalttätiges Verhalten gegenüber Frauen ändern wollten.
Die Anlauf- und Informationsstelle öffnete im Mai 1989 zum ersten Mal. In den ersten Jahren erfolgte die Beratung ehrenamtlich. Mit der Zeit konnte das Angebot dank Stiftungen, Spenden und den Leistungsaufträgen von Stadt und Kanton Zürich ausgebaut werden.
Seit 1997 hat die Beratungsstelle eine professionelle Struktur mit einer Geschäftsleitung. Seit 2007 führt das mannebüro züri für den Kanton Zürich im Rahmen des Gewaltschutzgesetzes die Gefährderansprache durch. 2008 erhielt die Stelle zum ersten Mal das ISO-Label für Management Excellence, zuletzt 2026 erneuert.
Das mannebüro züri ist seit seiner Gründung ein Verein mit Mitgliedern und Gönnern und einem ehrenamtlichen Vorstand, der für die strategische Ebene verantwortlich ist.
Das ISO-Zertifikat